De pizzaelskende skilpaddene Michelangelo, Donatello, Leonardo og Raphael er tilbake i et fartsfylt actioneventyr. Superskurken Shredder rømmer og avslører en grusom plan om å ta over verden. Brødrene må nå slå seg sammen med April O’Neil og deres nye, hockey-maskerte allierte Casey Jones for å bekjempe fiendene og den beryktede Krang.